Home Manager には Claude Code を管理する機能があります。これを使うと Skills を管理できます。programs.claude-code.skills を使います。このフィールドは複数の形式をサポートしていますが、Skills がすでに1つのディレクトリにまとまっている場合は以下のようにそのディレクトリを参照するパスを指定するだけで OK です：

programs.claude-code.skills = ./path/to/skills;

ちなみに Home Manager 25.11 までは同様のことができる programs.claude-code.skillsDir というものがありました。これは現在もサポートされていますが非推奨になったようで、使うと以下のような警告が出ます：

The option `programs.claude-code.skillsDir' defined in `/nix/store/bdn0zqq9mqdc9ccwfnamx4lax9163xr1-source/flake.nix' has been changed to `programs.claude-code.skills' that has a different type. Please read `programs.claude-code.skills' documentation and update your configuration accordingly.

各 Skill が別のディレクトリに分かれている場合や、直接 Nix 式中に書きたい場合は attrset で指定します：

programs.claude-code.skills = {
    your-skill = ./path/to/your-skill;

    another-skill = "Say hello";
};